2000年卸下國大代表職務後,想脫離花蓮政治圈與應酬環境,徐教授接任教育部臺灣科學教育館館長新職。

三年任內完成新館遷建,並獲教育部優秀公教人員頒獎。與陽明山國家公園管理處合作,完成陽明書屋房舍修復。

每年寒暑假舉辦研習活動,2001年暑假辦理110個營隊,總計兩萬八千人參加。

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